GKS „Górnik” Łęczna powstał 20 września 1979 roku z inicjatywy pracowników Kombinatu Budownictwa Górniczego „Wschód”. Grupa byłych piłkarzy z różnych stron Polski (m. in. z Zagłębia Miedziowego, Dolnego i Górnego Śląska, Lubelszczyzny) postanowiła zorganizować drużynę piłki nożnej i zgłosić ją do piłkarskich rozgrywek ligowych. To właśnie sekcja piłki nożnej była pierwszą sekcją utworzoną w Klubie. Drużyna występowała w sezonie 1979/1980 w lubelskiej klasie B i prowadzona przez trenera Andrzeja Zacharego zdobyła pierwsze miejsce tym samym awansując do klasy A.
W kolejnym sezonie drużyna odniosła kolejny sukces jakim było zdobycie drugiego miejsca w klasie A i awansowanie do klasy okręgowej. Sezon 1991/1991 nie był już tak dobry dla drużyny, która notowała naprzemiennie porażki i zwycięstwa i ostatecznie uplasowała się na 6 miejscu w tabeli. Na przełomie 1993/1994 roku zespół miał szansę awansować do drugiej ligi, jednak z powodu kilku przegranych spotkań oraz zremisowania w spotkaniu z Lublinianką drużyna z Łęcznej pozostała w trzeciej lidze.
Kolejna szansa awansu do drugiej ligi nadarzyła się drużynie GKS „Górnik” Łęczna w sezonie 1994/1995. Tym razem konkurentem do tytułu mistrza trzeciej ligi okazała się drużyna KSZO z Ostrowca Świętokrzyskiego. Niestety i tym razem rywal okazał się lepszy i to jemu przypadł w udziale awans do drugiej ligi. Drużyna wygrała 21 spotkań, 4 zremisowała i 4 przegrała.
Nadzieje na awans drużyny do drugiej ligi spełniły się natomiast już w kolejnym sezonie tj.1995/1996. Drużynę zasili wówczas Piotr Jaroszyński z Lublinianki, Artur Koniarczyk z Broni Radom i Aleksander Ogoluk z Poligraftechniki Aleksandrija. Zawodnicy prowadzeni przez Henryka Grodeckiego (a od siódmej kolejki przez duet Włodzimierz Andrzejewski – Waldemar Sularz) rozegrali bardzo dobry sezon i z ogromną przewagą nad drugim w tabeli zespołem Tłoków Gorzyce awansowali w szeregi drugoligowców. Górnik odniósł 20 zwycięstw, 5 remisów i zanotował 5 porażek. Osiemnaście bramek dla drużyny zdobył Jacek Fiedeń.
Sezon 1996/1997 to rozgrywki „Górnika” w drugiej lidze. Drużyna zajęła 9 miejsce w tabeli. Z funkcji trenera pierwszej drużyny zrezygnował Włodzimierz Andrzejewski, powierzając ją Józefowi Antoniakowi. Po zakończeniu rundy jesiennej drużyna znalazła się na 4 miejscu w drugiej lidze. Z klubu odszedł bramkarz Jakub Wierzchowski do Wisły Kraków, zespół opuścił także Mariusz Klajda który wybrał grę dla Czuwaju Przemyśl. Kadrę uzupełnili Marcin Mańka z Lublinianki, Wojciech Jarzynka z AZS AWF Biała Podlaska i wychowanek Górnika, junior Grzegorz Bronowicki.
W sezonie 1997/1998 GKS „Górnik” Łęczna zajął 3 miejsce. Drużyna wygrała 17 spotkań, 8 zremisowała i 9 przegrała. Przed startem sezonu 1999/2000 kadrę drużyny z Łęcznej zasilili Robert Warczachowski z KP Konin, Dariusz Kozubek z Korony Kielce oraz Karol Sobczak z Hetmana Zamość. Sezon 1999/2000 Górnik zakończył ponownie na 3 miejscu w którym 30 spotkań wygrał, 7 zremisował i 9 przegrał.
Na początku listopada w 2001 roku w Kielcach odbyła się konferencja pod nazwą „Bezpieczne stadiony”. Obok Amiki Wroniki i Górnika Polkowice Łęcznianie zostali uhonorowani pucharami i dyplomami za wzorowe organizowanie imprez masowych w sezonie 2000/2001. W tym właśnie sezonie zespół zajął 6 miejsce wśród drugoligowców, oraz doszedł do 1/4 finału Pucharu Polski, gdzie musiał uznać wyższość Górnika Zabrze.
W kolejnym sezonie 2001/2002 Górnicy zajęli 4 miejsce na drugoligowym froncie co dało szansę na grę w barażach o Ekstraklasę. Przeciwnikiem w boju o awans do najwyższej klasy rozgrywkowej był zespól KSZO Ostrowiec Świętokrzyski. Pierwsze spotkanie odbyło się 8 maja w Łęcznej, GKS „Górnik” Łęczna był zespołem lepszym jednak przegrał po akcji „życia” przeprowadzonej w doliczonym czasie gry przez Marka Sokołowskiego. Rewanż w Ostrowcu odbył się 11 dni później i gospodarze wygrali z Zielono-Czarnymi 2-1 czym zapewnili sobie utrzymanie w Ekstraklasie na kolejny sezon. Górnik w tamtych rozgrywkach zanotował 18 wygranych, 8 remisów i 12 porażek. Najlepszym strzelcem w zespole okazał się Paweł Bugała zdobywając 11 bramek.
W sezonie 2002/2003 drużyna spisywała się dobrze i po rundzie jesiennej zajmowała 3 miejsce w klasyfikacji. Zespół został wzmocniony przez Piotra Soczewkę z Wisły Płock, Ireneusza Kościelniaka z Amiki Wronki, Macieja Pastuszkę z Wisły Płock oraz Tomasza Copika z Pogoni Szczecin. Z klubem pożegnali się natomiast Piotr Cetnarowicz, Jarosław Czarniecki, Marcin Popławski, Adam Nocoń i Grzegorz Pastusiak. Piłkarze prowadzeni przez trenera Jacka Zielińskiego zakończyli sezon na 3 miejscu i drugi rok z rzędu dostali szanse gry w barażach o Ekstraklasę. Tym razem rywalem Górników była drużyna Zagłębie Lubin. 15 czerwca Górnik wygrał na własnym boisku 1:0 po bramce Pawła Bugały. Rewanż odbył się 21 czerwca w Lubinie, gdzie Zagłębie od początku spotkania rzuciło się do odrabiania strat i już po 20 minutach miedziowi objęli prowadzenie za sprawą bramki Arkadiusza Klimka. GKS „Górnik” Łęczna zdołał wyrównać przed przerwą a autorem bramki był ponownie Paweł Bugała. W 83 minucie pamiętnego spotkania nazwany „katem Zagłębia” Bugała z rzutu wolnego pokonał bramkarza gospodarzy, Jarosława Krupskiego i tym sposobem drużyna awansowała do piłkarskiej Ekstraklasy!
Pierwszy mecz w najwyższej klasie rozgrywkowej drużyna z Łęcznej rozegrała 9 sierpnia 2003 roku a jej przeciwnikiem była Wisła Płock. Mecz zakończył się wynikiem 3:1 dla gospodarzy. Pierwszą bramkę dla drużyny w Ekstraklasie zdobył Grzegorz Skwara. GKS „Górnik” Łęczna w rundzie jesiennej był rewelacją rozgrywek a trzon drużyny stanowili tacy piłkarze jak Robert Mioduszewski, Marcin Boguś, Ireneusz Kościelniak, Artur Kościuk, Paweł Bugała, Mirosław Budka, Grzegorz Skwara czy w końcu Sylwester Czereszewski. Łęcznianie po rundzie jesiennej sezonu 2003/2004 zajmowali 4 miejsce. W przerwie zimowej do zespołu dołączyli: Piotr Matys, Veljko Nikitović, Łukasz Tupalski, Janusz Wolański. Runda wiosenna nie była już tak udana jak jesienna jednak Górnik pomimo słabszych wyników uplasował się na 8 pozycji mając na swoim koncie 10 zwycięstw, 3 remisy, 13 porażek.
Następcą trenera Jacka Zielińskiego był Bogusław Kaczmarek. Wraz ze szkoleniowcem do Górnika przybyli tacy piłkarze jak: Sławomir Nazaruk, Bartosz Jurkowski, Grzegorz Wędzyński, Ronlad Siklić, Cezary Kucharski, Dawid Sołdecki dołączył także do pierwszej drużyny junior Kamil Oziemczuk. Na inaugurację ligi GKS przegrał dość boleśnie z ówczesnym mistrzem Polski Wisłą Kraków aż 5:1. Po rundzie jesiennej Górnicy plasowali się dopiero na 12 miejscu z dorobkiem 12 punktów. Przed rundą wiosenną popularny „Bobo” Kaczmarek postanowił wzmocnić zespół nowymi zawodnikami a byli to: Chorwat Anto Petrović który przybył z NK Široki Brijeg, Jarosław Popiela z Górnika Zabrze, Adrian Budka z Polara Wrocław, Łukasz Madej z Lecha Poznań, Andrzej Kubica z Maccabi Tel Awiw. Górnik w rundzie wiosennej grał bardzo ofensywny i widowiskowy futbol kończąc sezon na 7 miejscu z dorobkiem 10 zwycięstw, 6 remisów i 10 porażek.
Przed rozpoczęciem nowego sezonu do drużyny dołączyli kolejni piłkarze: Tomasz Sokołowski z Legii Warszawa, Rafał Kaczmarczyk z Groclinu Dyskobolia, Artur Andruszczak z GKSu Katowice. W pierwszych dwóch kolejkach GKS zremisował z Wisłą i Legią, natomiast później było tylko gorzej. Zwolniony został trener Kaczmarek a jego następcą został Dariusz Kubicki, który jednak utrzymał słabo spisujący się zespół w Ekstraklasie.
Przed rozpoczęciem sezonu 2006/2007 trener Kubicki odmłodził zespół, z którego odeszli Sokołowski, Kaczmarczyk, Bożyk, Bykowski, Bledzewski, a Jurkowski został przesunięty do drużyny rezerw. Na ich miejsca przyszli młodzi zawodnicy, którzy się nie sprawdzili czego efektem była słaba gra i zwolnienie Dariusza Kubickiego z funkcji trenera już na początku rozgrywek. Jego następcą został Krzysztof Chrobak, który poukładał zespół sprowadzając do niego Rafała Niżnika, Tomasza Zahorskiego, Michała Łabędziego, Aleksandra Kwieka.
W styczniu 2007 roku Klub zmienił strukturę organizacyjną na Spółkę Akcyjną i przyjął oficjalną nazwę Górnik Łęczna S.A. Ze zmianą struktury przyszła także zmiana historycznego herbu na logo. Po sezonie 2006/2007 mimo utrzymania się w lidze, z powodu udziału w aferze korupcyjnej klub Górnik Łęczna S.A. został zdegradowany do trzeciej ligi. Drużynę opuściło kilku zawodników, ale wielu zdecydowało się także na pozostanie w niej. Skład został uzupełniony kilkoma juniorami, a zespół pewnie wywalczył awans do drugiej ligi notując 23 zwycięstwa, 5 remisów oraz 4 porażki.
Po awansie do pierwszej ligi (nastąpiła zmiana nazewnictwa klas rozgrywkowych), zespół zajął wysokie 5 miejsce. Najlepszym strzelcem drużyny został Prejuce Nakoulma z 8 bramkami na koncie. Sezon 2009/2010 na ławce trenerskiej zaczął Wojciech Stawowy, następie tymczasowym szkoleniowcem był Tadeusz Łapa a sezon Górnik Łęczna kończył prowadzony przez Mirosława Jabłońskiego. Efekt tych zmian nie był dobry bo drużyna zakończyła sezon dopiero na 11 miejscu z bilansem 11 zwycięstw, 11 remisów, 12 porażek.
Sezon 2010/2011 był wyjątkowo przewrotny ponieważ najpierw Klub postanowił wrócić do historycznego herbu by po kilku miesiącach zmienić nazwę na GKS Bogdanka S.A. Kibice nie byli w stanie zaakceptować takiej nazwy ich klubu i w lipcu 2011 roku fani skupieni w Stowarzyszeniu Kibiców Górnika Łęczna reaktywowali sekcję piłki nożnej pod szyldem GKS Górnik 1979 Łęczna i zgłosili klub do rozgrywek klasy B. Drużyna GKS Górnik 1979 Łęczna występowała równocześnie z drużyną GKS Bogdanka S.A.
W sezonie 2011/2012 drużyna GKS Bogdanka prowadzona przez trenera Piotra Rzepkę uplasowała się na bardzo dobrym 6 miejscu w rozgrywkach pierwszoligowych z bilansem 15 zwycięstw, 9 remisów i 10 porażek. Trener Rzepka dał szansę zawodnikom młodzieżowym drużyny m.in. Bartoszowi Wiązowskiemu i Michałowi Paluchowi, którzy podczas rozgrywek pokazali się z dobrej strony i swoimi występami przekonali do siebie selekcjonera kadry Polski U-19 Marcina Sasala,
Sezon 2012/2013 był dla drużyny GKS Bogdanka gorszy niż poprzedni i odwlekał szansę na awans do Ekstraklasy. Ostatecznie drużyna zajęła 12 miejsce w tabeli odnotowując 11 zwycięstw, 13 remisów i 10 porażek.
23 lipca 2013 roku Klub powrócił do nazwy Górnik Łęczna S.A. W sezonie 2013/2014 nowym trenerem zespołu występującego w I lidze został Jurji Szatałow który sprowadził takich piłkarzy jak Maciej Szmatiuk, Paweł Zawistowski, Łukasz Zwoliński, Grzegorz Bonin, Julien Tadrowski. Mieszanka młodości z doświadczeniem dała upragniony efekt bo Górnik został liderem pierwszej ligi po rundzie jesiennej. W przerwie zimowej do zespołu dołączyli Łukasz Mierzejewski i Miroslav Božok, Wojciech Kalinowski. Na zasadzie wypożyczenia zespół Jurija Szatałowa wzmocnili Bartosz Kwiecień, który przybył z Korony Kielce oraz Arkadiusz Woźniak z Zagłębia Lubin. Do zespołu Floty Świnoujście odszedł Łukasz Sołowiej. W celu nabrania większego doświadczenia na wypożyczenia udali się Kamil Oziemczuk (Orlęta Radzyń Podlaski), Patryk Stopa, Hubert Kotowicz, Michał Walaszek (Lublinianka Lublin), Michał Paluch, Tomasz Tymosiak (Wisła Puławy).
Rundę wiosenną zielono-czarni rozpoczęli od wyjazdowego zwycięstwa z Wisłą Płock 0-1. W kolejnych czterech spotkaniach Górnicy trzykrotnie remisowali (Flota Świnoujście 0-0, Okocimski Brzesko 2-2, GKS Katowice 1-1), zwyciężając tylko raz w meczu z Sandecją Nowy Sącz, zwycięską bramkę w doliczonym czasie gry zdobył Nikolajs Kozačuks. Po serii remisów przyszło domowe zwycięstwo 2-0 z Miedzią Legnica. Po tej wygranej zielono-czarni przegrali dwa bardzo ważne mecze z bezpośrednimi rywalami w walce o awans do Ekstraklasy (GKS Bełchatów 0-2, Arka Gdynia 1-2). Na dokładkę przyszła trzecia z rzędu porażka tym razem z walczącym o utrzymanie zespołem ROW-u Rybnik. Po porażce z GKS-em Bełchatów Górnicy stracili pozycję lidera. Przełamanie przyszło w meczu z Dolcanem Ząbki, piłkarze Górnika Łęczna pokazali charakter i wywieźli bardzo cenny punkt z trudnego ternu jakim z pewnością był stadion w Ząbkach. Po tym remisie nastąpiła seria czterech zwycięstw (Kolejarz Stróże 2-0, Puszcza Niepołomice 1-2, Chojniczanka 2-0, Olimpia Grudziądz 0-1). Górnik ponownie był na pozycji lidera i dzięki korzystnym wynikom na innych boiskach po 7 latach zapewnił sobie awans do T-Mobile Ekstraklasy już na dwie kolejki przed końcem rozgrywek. W ostatnim meczu domowym Górnik mierzył się z Termalicą Bruk-Bet Nieciecza na boisku padł remis 1-1. Po końcowym gwizdku na murawie rozpoczęła się feta z okazji ponownego awansu. Ostatni mecz w pierwszej lidze Górnicy grali w Olsztynie i zakończył on się porażką 0-1. Ostatecznie Górnik Łęczna na koniec rozgrywek zajął drugie miejsce z dorobkiem 61 punktów, zwyciężając 17 spotkań, 10 remisując i 7 przegrywając. Górnik Łęczna strzelili 45 bramek tracąc przy tym 27.
W sezonie 2014/2015 pod wodzą Jurija Szatałowa drużyna zajęła 14 miejsce w tabeli szczęśliwie utrzymując się w Ekstraklasie. W ostatnim meczu ligowym drużyna walczyła o utrzymanie na własnym boisku z GKS Bełchatów. Drużyna Górnik Łęczna spotkanie wygrała 1:0 (jedyną bramkę w tym spotkaniu strzelił Shpëtim Hasani) i dzięki jednoczesnej przegranej Zawiszy Bydgoszcz obroniła Ekstraklasę na Lubelszczyźnie z bilansem 11 zwycięstw, 11 remisów i 15 porażek.
W sezonie 2015/2016 początkowo zespół był prowadzony przez Jurija Szatałowa jednak po serii porażek 6 maja 2016 roku zrezygnował z funkcji pierwszego trenera. Na dwie ostatnie kolejki sezonu 2015/2016 zastąpił go jego asystent – Andrzej Rybarski. Pod wodzą trenera Rybarskiego zespół z Łęcznej bezbramkowo zremisował przedostatni mecz z Górnikiem Zabrze oraz wygrał u siebie ostatni mecz kolejki z Podbeskidziem Bielsko-Biała aż 5:1 i tym samym zapewnił sobie utrzymanie w Ekstraklasie na kolejny sezon. Ostatecznie Górnik Łęczna zajął ponownie 14 miejsce w tabeli wygrywając 10 spotkań, remisując 9 i przegrywając 18.
Przed rozpoczęciem sezonu 2016/2017 trener Andrzej Rybarski mimo braku odpowiedniej licencji UEFA Pro dostał zgodę PZPN na prowadzenie zespołu. Domowe mecze zespołu Górnik Łęczna zostały przeniesione ze stadionu GKS „Górnik” Łęczna do stolicy województwa. Od sezonu 2016/2017 Górnik Łęczna rozgrywa mecze w roli gospodarza na stadionie Arena Lublin w Lublinie. Na początku rundy jesiennej drużyna odniosła kilka znaczących porażek co spowodowało zawieszeniem Rybarskiego w obowiązkach trenera. Rybarskiego tymczasowo w 18 i 19 kolejce rozgrywek zastąpił jeden z najbardziej zasłużonych piłkarzy w historii Górnika Łęczna oraz dotychczasowy szkoleniowiec i kierownik drużyny – Sławomir Nazaruk, który podniósł morale drużyny i pod jego wodzą zespół zremisował 1:1 z Cracovią oraz wygrał 3:0 z Bruk-Bet Termalicą Nieciecza. Od 15 grudnia 2016 roku nowym trenerem Górnika Łęczna został były selekcjoner Reprezentacji Polski – Franciszek Smuda.